Pakan alternatif adalah sumber makanan pengganti pakan utama yang tetap menyediakan nutrisi cukup bagi hewan ternak atau peliharaan, namun lebih ramah lingkungan. Pakan alternatif sering untuk mengurangi, mengatasi kelangkaan, atau memanfaatkan limbah organik. Contoh pakan alternatif untuk ikan:
Ampas tahu
Dedak halus
Cacing tanah
Maggot
Pakan alternatif tetap harus memenuhi standar nutrisi, perlu fermentasi untuk meningkatkan daya cerna dan menghilangkan zat antinutrisi.