Infeksi ikan koi merupakan masalah umum yang dapat menyebabkan berbagai jenis patogen seperti bakteri, parasit, jamur dan virus. Beberapa infeksi pada ikan koi yaitu white spot atau munculnya bintik putih pada ikan, kutu ikan. Selain itu ada busuk sirip, jamur, bengkak mata, aeromonas hydrophila atau luka pad akulit ikan.

Pencegahan dan perawatan berbagai infeksi tersebut bisa menggunakan garam ikan atau melakukan karantina ikan. Selain itu, menjaga kualitas air dengan rutin sangat penting.