Filter biologis adalah jenis filter akuarium yang mengandalkan mikroorganisme untuk menguraikan bahan organik dan senyawa berbahaya dalam air. Proses ini terjadi ketika air mengalir melalui media filter yang telah dihuni oleh bakteri pengurai, seperti nitrifikasi. Bakteri ini mengubah amonia yang beracun bagi ikan menjadi nitrit, lalu nitrit diubah menjadi nitrat yang lebih aman. Filter ini sangat penting untuk menjaga keseimbangan kimiawi air akuarium, terutama dalam mengurangi tingkat amonia dan nitrit. Selain itu, filter ini membantu menciptakan lingkungan yang lebih sehat bagi ikan dan tanaman dalam akuarium. Jenis media filter biologis yang sering digunakan termasuk spons, kerikil, atau bio-ball yang menyediakan permukaan untuk bakteri berkembang.